Latem 1941 roku do Prebilovców wkroczyły uzbrojone oddziały ustaszy. Przemierzali wieś od domu do domu, wyciągając mieszkańców na zewnątrz. Wszystkich zgromadzono w centrum wsi i zapędzono do budynku szkoły podstawowej. To tam zaczęło się piekło.
W środku rozpoczęły się sadystyczne i bestialskie sceny, których ofiarami padły przede wszystkim bezbronne kobiety i dziewczęta, zwłaszcza te w wieku od dwunastu do piętnastu lat. Kobiety były gwałcone, a te, które stawiały opór, rozbierano do naga i zabijano. Około pięćdziesiąt niemowląt wyrwano z kołysek, podnoszono za nogi i rozbijano o ścianę szkoły, każąc ich matkom patrzeć na tę okropność. Potem wszystkich wpychano do wagonów bydlęcych i przewożono w odległe miejsce w pobliżu jaskini Golubinka, jednej z wielu prawie pionowych jaskiń krasowych w tym regionie.
Ofiary prowadzono na skraj jamy, rodzinę za rodziną, i spychano w dół. Jama miała początkowo pionowy spadek około dwudziestu siedmiu metrów, a następnie stromo opadała na głębokość około stu metrów, aż do dna. Jedna z ocalałych kobiet opisała później to, co zobaczyła: ludzie łapani jak zwierzęta, zabijani i wrzucani żywcem do przepaści. Kobiety, matki z dziećmi, dorosłe dziewczęta i całe rodziny spadały w ciemność.
Spośród tych, których wrzucono do jamy, czterdzieści pięć osób przeżyło upadek i później zdołało uciec, by opowiedzieć o tej tragedii. Miesiąc po masakrze władze ustaszy przesiedliły do opustoszałej wsi od sześćdziesięciu do siedemdziesięciu chorwackich rodzin z okręgów Ljubuški i Čapljina. Wieś miała zostać wymazana z pamięci, a jej dawni mieszkańcy – zapomniani. Wiadomość o tym, co wydarzyło się w Prebilovcach, wkrótce dotarła do włoskich władz wojskowych stacjonujących w Hercegowinie.
Włoski generał Alessandro Lusano sporządził szczegółowy raport i wysłał go do Benito Mussoliniego, włoskiego dyktatora. W raporcie opisał zbrodnie ze szczegółami, w tym zeznania świadków. Jedna z ocalałych kobiet zeznała, że członkowie ustaszy, z których wielu było dewiantami seksualnymi, zmusili dwudziestodwuletniego mężczyznę, Maksima Buluta, do zgwałcenia własnej kuzynki. Dziewczęta, które stawiały opór, były rozbierane do naga i zabijane.
Jeden z głównych sprawców, Ivan Jovanović, uciekł po wojnie i w maju 1945 roku dołączył do partyzantów Tito. Zbrodnia, która przeszła do historii jako masakra w Prebilovcach, nie pozostała bezkarna – sprawcy zapłacili za swoje czyny własnym życiem. Szacuje się, że podczas II wojny światowej w Jugosławii zginęło około 1,2 miliona osób, z czego około 581 tysięcy stanowiła ludność cywilna.
Masakra w Prebilovcach była jedną z najbardziej okrutnych zbrodni tamtego okresu, a pamięć o niej przetrwała dzięki tym, którzy przeżyli, by opowiedzieć światu prawdę.
