22 czerwca 1941 roku, o świcie, Niemcy zaatakowały Związek Radziecki. Front ciągnął się od Bałtyku po Morze Czarne, a za regularnymi oddziałami szły mobilne szwadrony śmierci – Einsatzgruppen. Ich zadanie było proste: ścigać i mordować Żydów, komunistów i wszystkich uznanych za wrogów. W krajach bałtyckich terror rozprzestrzeniał się błyskawicznie.
W Lipawie, nadmorskim mieście na zachodzie Łotwy, które Niemcy uważali za strategiczny punkt na Bałtyku, egzekucje zaczęły się niemal natychmiast. Jeszcze zanim Niemcy przejęli pełną kontrolę nad miastem, w pobliskiej Grobini członkowie Einsatzgruppe zabili sześciu Żydów na cmentarzu kościelnym. W kolejnych dniach żołnierze wyciągali żydowskich mężczyzn na ulice i rozstrzeliwali ich na miejscu, czasem wykorzystując wyrwy po bombach jako prowizoryczne miejsca egzekucji. 29 czerwca 1941 roku siły niemieckie zajęły Lipawę.
Członkowie Einsatzkommando urządzili swoją siedzibę w hotelu St. Petersburg. Szybko odkryli okopy wykopane wcześniej przez wojska radzieckie w parku Rainisa i zamienili je w miejsce masowych egzekucji. 3 i 4 lipca setki Żydów zapędzono do okopów i rozstrzelano.
Ciała zasypywano ziemią, a kolejne grupy ofiar przyprowadzano, by wypełnić te same doły. Nowe władze wprowadziły surowe przepisy. Za każdy akt sabotażu rozstrzeliwano dziesięciu zakładników. Żydzi musieli nosić żółte gwiazdy z przodu i z tyłu ubrania, mogli robić zakupy tylko w wyznaczonych dwugodzinnych oknach, nie mogli korzystać z transportu publicznego ani chodzić po plaży.
Gdy zbliżał się Niemiec w mundurze, musieli schodzić z chodnika. Konfiskowano radia, maszyny do pisania i pojazdy. Rozpoczął się proces segregacji, poniżania i eksterminacji. W lipcu zabójstwa stały się systematyczne.
Erhard Grauel, dowódca Einsatzkommando, przejął więzienie dla kobiet i zamienił je w ośrodek detencyjny. Nakazał rozstrzeliwanie zakładników, twierdząc, że to odwet za ataki na niemieckie patrole. 7 lipca około trzydziestu Żydów i komunistów stracono na plaży przy latarni morskiej. Gdy jego przełożony, Franz Walter Stahlecker, zarzucił mu zbyt powolne zabijanie, Grauela zastąpił Wolfgang Kügler.
Pod jego kierownictwem morderstwa trwały dalej. Pod koniec lipca przybyła słynna Arajs Kommando – łotewska jednostka pomocnicza wyszkolona w Rydze. Współpracując z SS, w ciągu dwóch dni zamordowali około dziewięciuset Żydów. Największa masakra w Lipawie miała miejsce w połowie grudnia 1941 roku w miejscowości Szķēde na północ od miasta.
Operacją kierował Wolfgang Kügler, wspomagany przez łotewskich strażników. 13 grudnia w lokalnej gazecie ukazało się ogłoszenie nakazujące wszystkim Żydom pozostanie w domach przez dwa dni. Tej nocy łotewska policja rozpoczęła aresztowania. Dziedziniec więzienia zapełnił się mężczyznami, kobietami i dziećmi.
Stamtąd zaprowadzono ich na wydmy w Szķēde, gdzie wykopano długi rów – około stu metrów długości i trzech metrów szerokości. O świcie 15 grudnia rozpoczęły się egzekucje. Ofiary zaprowadzono do stodoły w pobliżu plaży, kazano im się rozebrać, a potem przepędzono w kierunku dołu. Ci, którzy się wahali, byli bici.
SS-mani biczowali więźniów, by zmusić ich do ruchu. Na skraju rowu rozstrzeliwano ich w grupach po dziesięć osób. Po każdej salwie Niemiec przechodził wzdłuż dołu i dobijał tych, którzy jeszcze żyli. Za nim szedł kopacz, zwykle łotewski policjant, który kopał, przetaczał lub spychał ciała do dołu.
Zabijanie trwało trzy dni. Do wieczora 17 grudnia zamordowano 2731 Żydów i 23 komunistów. Strzelanina w Szķēde była jedną z niewielu zbrodni Holocaustu na Łotwie uchwyconych na filmie. Do dziś to jedyny znany zachowany materiał wideo przedstawiający masowe egzekucje dokonane przez Einsatzgruppen.
Do czerwca 1942 roku społeczność żydowska w Lipawie została niemal całkowicie unicestwiona. Z około 5700 Żydów, którzy mieszkali tam przed inwazją, przeżyło tylko około 814. Ocalałych zamknięto w małym getcie składającym się z jedenastu domów i zmuszano do ciężkiej pracy na rzecz niemieckiej marynarki wojennej. Głód, zimno, wyczerpująca praca i choroby zabijały ich jeden po drugim.
W październiku 1943 roku, w Jom Kipur, getto zostało zlikwidowane. Ostatnich Żydów deportowano do Rygi. Tylko garstka z nich przeżyła wojnę. W 1943 roku, gdy wojna obróciła się przeciwko nazistom, wrócili oni na miejsca egzekucji, próbując zatrzeć ślady zbrodni.
Polewali zwłoki chlorem, by przyspieszyć ich rozkład. Ale zdjęcia, filmy i odbitki zachowane przez Dawida Zivkona sprawiły, że masakry nie dało się wymazać z pamięci. Wielu sprawców odpowiedzialnych za masowe strzelaniny w Lipawie i okolicach poniosło karę. Franz Stahlecker, dowódca Einsatzgruppe A, został zabity przez radzieckich partyzantów w marcu 1942 roku.
Fritz Dietrich, szef policji zaangażowany w organizację masakry z grudnia 1941 roku, został po wojnie schwytany, osądzony przez amerykański trybunał wojskowy za wydanie rozkazu egzekucji amerykańskich lotników i powieszony w więzieniu w Landsbergu w 1948 roku. Wolfgang Kügler, oficer SS, który kierował większością zabójstw w Lipawie, został skazany w jednym z pierwszych powojennych procesów na grzywnę i krótki pobyt w więzieniu. Gdy w 1959 roku pojawiły się dodatkowe dowody, został ponownie aresztowany, ale zanim stanął przed sądem, powiesił się. Hans Baumgartner, odpowiedzialny za masowe deportacje i rozstrzeliwania na Łotwie, został aresztowany w Niemczech Wschodnich w 1969 roku.
Udowodniono mu udział w zabójstwie ponad 6000 osób. Skazano go na karę śmierci i rozstrzelano w Lipsku w 1971 roku. Łotewscy kolaboranci również stanęli przed sądem. Wiktor Arajs, dowódca Arajs Kommando, został osądzony w Hamburgu w 1979 roku.
Udowodniono mu kluczową rolę w masowych egzekucjach, w tym w Lipawie, i skazano na dożywocie. Zmarł w więzieniu w 1988 roku. Sądy radzieckie skazały trzydziestu członków jego oddziału na śmierć za udział w masowych egzekucjach ludności cywilnej. Karl Emil Strott, członek SS, który fotografował ofiary podczas egzekucji w Szķēde, został skazany na siedem lat więzienia.
Gdy Armia Czerwona wyzwoliła Lipawę 9 maja 1945 roku, w mieście znaleziono około dwudziestu Żydów. Niektórzy uciekli i przeżyli, inni znaleźli schronienie u łotewskich znajomych, a jeszcze inni zdobyli sfałszowane chrześcijańskie dokumenty. Jedenaście osób ukryło się w piwnicy na terenie getta w noc przed jego likwidacją. Pozostali tam przez półtora roku aż do wyzwolenia dzięki pomocy Roberta Sedulsa i jego żony Johanny, którzy później otrzymali tytuł Sprawiedliwych wśród Narodów Świata.
Po wojnie Lipawa bardzo się zmieniła. Pod rządami Związku Radzieckiego była zamknięta dla obcych jako baza morska i magazyn broni jądrowej. Pamięć o masakrach ucichła. Dopiero pod koniec XX wieku historycy zrekonstruowali pełny przebieg wydarzeń.
W pobliżu wydm, gdzie miały miejsce największe masakry, oraz na cmentarzu w Lipawie wzniesiono miejsca pamięci. Zdjęcia z egzekucji z grudnia 1941 roku, przedstawiające ostatnie chwile ofiar na zimnym wybrzeżu Bałtyku, stały się trwałym symbolem zniszczenia całej społeczności i nieustannym przypomnieniem o tętniącym życiem społeczeństwie, które padło ofiarą brutalnego i morderczego reżimu nazistowskich Niemiec oraz lokalnych kolaborantów.
